В 1905 году Сергей Клычков участвовал в революционных событиях, а потом писал стихи на революционные темы. Он с радостью принял Октябрьскую революцию. С Сергеем Есениным сочинили текст кантаты «Спите, любимые братья...» в память погибших за советскую власть, исполненной на Красной площади в 1918 году. Правда критики считали, что он все равно недостаточно лоялен к Советской власти и говорили, что он воспевает кулачество.
Нарождавшаяся советская литература не оправдала ожиданий поэта. Вместо дарования свободы религиозной, духовной и творческой, Пролеткультом насаждались совсем иные принципы «пролетарской литературы». Фольклорные мотивы творчества Клычкова и Клюева, даже Горьким клеймились как «реакционные».
Крестовый поход против старых форм в послеоктябрьский период (Клычков назовет его «крестовым походом против человеческого нутра и простого здравого смысла») в литературе ополячился, прежде всего, на лирическую поэзию, как на «отжившую», «буржуазную».
Сергея Клычкова арестовали в ночь с 31 июля на 1 августа на даче в «Лесном Городке» по Киевской железной дороге. Жене Варваре Николаевне Горбачевой сообщили, что муж ее осужден Военной коллегией Верховного Суда СССР на 10 лет без права переписки. Тогда еще не было понятно, что формулировка «10 лет без права переписки» означала расстрел, и родственники еще долго надеялись его дождаться.
Поэт был осужден по ложному обвинению в том, что якобы с 1929 года является членов антисоветской организации «Трудовая крестьянская партия».
25 июля 1956 года Сергей Антонович Клычков был посмертно реабилитирован.