В 1939 году Михаил Булгаков заболел. Будучи врачом, он сразу сам поставил себе диагноз: тот же, что был у его отца, - злокачественный нефросклероз.
«Имей в виду, я буду очень тяжело умирать, - дай мне клятву, что ты не отдашь меня в больницу, а я умру у тебя на руках», - сказал он жене. И она исполнила его просьбу. Хотя пришлось ей неимоверно трудно: сначала он ослеп, потом начались провалы в памяти и страшные боли, от которых он кричал и терял сознание. Приходя в себя он просил, чтобы она «взяла у Евгения револьвер», имея в виду бывшего мужа и вспоминая тот самый револьвер, из которого Евгений Александрович когда-то чуть не застрелил Михаила Булгакова.
В конце болезни Михаил Афанасьевич почти потерял способность говорить. За несколько дней до смерти, когда Елена Сергеевна сидела у изголовья его кровати, супруг дал понять, что ему что-то нужно. Она предложила лекарство, воду, а потом догадалась, что муж просит «Мастера и Маргариту». Когда они поняли друг друга, Михаил Афанасьевич очень обрадовался и с большим трудом произнес еле понятное: «Чтобы знали, чтобы знали».
Она сделала все, чтобы это и другие ранее неизданные произведения мужа увидели свет. Уже после смерти Булгакова она писала лично Сталину, но тогда это не помогло сдвинуть дело с мертвой точки. Роман «Мастер и Маргарита» был опубликован в 1966 году лишь с седьмой попытки вдовы. Гранки Елена Сергеевна правила, будучи больна, с высокой температурой. Правила по памяти, роман мужа она знала наизусть. Она ликовала, потому что боялась умереть, не исполнив желание мужа.
На жизнь Елена Сергеевна зарабатывала машинописью и переводами. До последних дней с удовольствием принимала у себя гостей, особенно тех, кто хотел узнать что-то о жизни Булгакова. Про Михаила Афанасьевича она могла говорить бесконечно. А еще она верила, что ее связь с мужем не прекратилась после его смерти. Внук, Сергей Шиловский, вспоминал: «...В то, что у нее есть прямой контакт с покойным Михаилом Афанасьевичем, она верила свято. По вечерам Елена Сергеевна рассказывала ему о том, что сделала за день, какие были новости, чего она ждет от будущего. Спрашивала у него советов - и считала, что получает ответы. Самое удивительное то, что они часто сбывались...».
Своего супруга Елена Булгакова пережила на 30 лет и была похоронена рядом с ним на Новодевичьем кладбище.
