Матрона Дмитриевна Никонова родилась 22 ноября 1881 года в деревне Себино Епифанского уезда (ныне Кимовского района) Тульской губернии.
Она была четвёртым ребёнком в семье. Было двое старших братьев Иван и Михаил и сестра Мария. Когда родилась младшая дочь Матрона, согласно житию святой, немолодые к тому времени родители, Наталья и Дмитрий Никоновы, сначала хотели оставить слепую дочь в приюте. Но мать передумала после того, как ей приснился необыкновенный сон: белая птица необычайной красоты, но слепая, села на её груди. Наталья Никонова решила, что сон был вещий. Житие сообщает, что уже с 8 лет Матрона лечила больных и предсказывала будущее.